バイオインフォマティクス講座詳細

１.　　細胞とは
２.　　原核生物と真核生物
３.　　細胞内小器官　
４.　　遺伝子とＤＮＡの２重らせん　
５.　　染色体とゲノム
６.　　ＤＮＡの化学構造
７.　　ＤＮＡの連結
８.　　塩基（ＡＣＧＴ）
９.　　ＲＮＡとＤＮＡ
１０.　タンパク質の設計図としてのＤＮＡ
１１.　セントラルドグマ
１２.　転写
１３.　スプライシング
１４.　翻訳
１５.　遺伝暗号表（コドンテーブル）
１６.　アミノ酸
１７.　アミノ酸の種類
１８.　タンパク質
１９.　細胞分裂
２０.　複製

１．ＤＮＡを対象とした実験
１．１　アガロース電気泳動
１．２　制限酵素
１．３　リガーゼ
１．４　PCR
１．５　サンガー法（ジデオキシ法）によるＤＮＡ配列決定
１．６　ｃＤＮＡライブラリー
２．遺伝子発現を解析する実験
２．１　遺伝子発現とは
２．２　ノーザンハイブリダイゼーション
２．３　マイクロアレイ
３．タンパク質を対象とした実験
３．１　タンパク質とアミノ酸
３．２　 エドマン分解
３．３　クロマトグラフィー
３．４　質量分析（マススペクトロメトリ ）
４．タンパク質発現を解析する実験
４．１　抗原抗体反応　
４．２　ウェスタンハイブリダイゼーション
５．ゲノムDNAを対象とした実験
５．１　ショットガン法
５．２　サザンハイブリダイゼーション
５．３　フィンガープリント
５．４　RFLP

１．データベースとは
２．塩基配列（DNA）データベース
２．１　国際塩基配列データベース （NCBI、DDBJ、EBI）
２．２　RefSeq
３．タンパク質構造、モチーフデータベース
３．１　PDB
３．２　モチーフとは
３．３　InterPro
４．タンパク質機能データベース
４．１　GO（GeneOntology）
５．分子間相互作用データベース
５．１　BIND
５．２　KEGG
５．３　DIP
６．統合データベース
６．１　H-invitational
６．２　Ensembl
６．３　UnoProt
６．４　Entrez
７．文献検索
７．１　PubMed
７．２　OMIM

（１日目）
１．生物の成り立ちと構成
１．１細胞の種類
１．２細胞の構成
２．生物における情報の流れ
２．１生体内で行われる情報のやり取り
２．２バイオインフォマティクスの関わり
３．遺伝子とゲノム
３．１ゲノム・核酸・遺伝子
３．２遺伝子の構造
４．primary（一次）データベース
４．１核酸データベース
　　　　・ＤＤＢＪ／ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ
　　　　・その他のデータベース
４．２タンパク質関連データベース
　　　　・UniProt KnoledgeBase
　　　　・Protein Data Bank
５．遺伝子の機能推定の実際
５．１これまでの成果
５．２ヒト
５．３マウス
６．（実習）ウェブツールを用いた塩基（アミノ酸）配列の機能推定
６．１　タンパク質コード領域解析（ORF Finder）
６．２　配列相同性解析（BLAST）
６．３　タンパク質モチーフ解析（InterPro）
６．４　タンパク質の膜貫通領域推定（SOSUI）

（２日目）
７．生命科学データベースの種類
７．１　統合型データベース
７．２　生物特異的データベース
７．３　機能特異的データベース
７．４　文献データベース
７．５　疾患関連データベース
８．公開データフォーマット
８．１塩基配列データベースの公開フォーマット
８．２タンパク質データベースの公開フォーマット
９．データベースからのデータ取得
９．１塩基配列データベース
９．２タンパク質データベース
１０．（実習）データベースを利用したキーワード検索による遺伝子の機能および関連情報の抽出
１０．１統合データベース　Ｅｎｔｒｅｚ
１０．２ヒト遺伝子データベース　H-Invitational Database
１０．３タンパク質解析と機能データベース　Expasy Proteomics Server

ＤＮＡ配列データに対する機知情報を付加して行く作業は、アノテーション（注釈）と呼ばれます。近年の配列データの増加により連続的にアノテーションを行う必要が出てきています。本講座では、アノテーションストラテジーの構築から結果の解釈までに必要な知識の学習を行います。

（１日目）
１．アノテーションとは何か
１．１対象生物による遺伝子構造の違い
１．２ゲノムから何が読み取れるか
１．３国債塩基配列データベースに登録してあるデータの見方
　　　　 フラットファイルの説明
１．４既存アノテーションデータの問題点
　　　　どのようなアノテーションが好ましいか
２．アノテーションストラテジーの立て方
２．１対象生物とその研究背景によるストラテジーの違い
２．２解析手法に
　　・相同性検索プログラム
　　・遺伝子予測プログラムの利用
　　・モチーフ検索プログラム
　　・その他（疎水性、局在化予測プログラム）
２．３アノテーションに必要なリソースとツールの紹介
２．４アノテーションパイプラインとは
　２．５解析結果をどのように組み合わせたらよいか
　　　ストラテジーを立ててみる
３．（実習）アノテーション実践
３．１遺伝子の境界予測と機能予測
３．２相同性検索による遺伝子予測
３．３種々の相同性検索検索ツールの特徴
　　　 blast、fasta、Smith-Waterman
３．４blastの使い方、blast familyの使い分けとオプション
３．５ blastをローカルで動かす
３．６blastに必要なデータの取得方法
３．７blast結果の解釈
　３．８ゲノムに対して相同性検索を行う

（２日目）
３．８（実習）アノテーション実践（続き）
３．９　比較ゲノム
　　近縁種ゲノムとの比較
　　 各遺伝子の周辺領域を他の生物と比較する
　　 代謝系の比較
３．１０モチーフ検索
　　 モチーフとは何か
　　　 ＩｎｔｅｒPro等による検索
３．１１遺伝子予測プログラムの利用
　　　 予測プログラムの利用
　　　 リピート領域とは
　　　 リピート領域のマスキング
　　　 プログラムの利用方法 Glimmer GeneScan
　　　５'末端の決定方法
　　　 予測感度について
３．１２tRNA、rRNA non-coding、RNA領域の予測
３．１３膜タンパク予測と局在化予測
３．１４相同性がない場合にどうするか
３．１５遺伝子の機能分類
４．結果のまとめ方
４．１遺伝子Ｖｉｅｗｅｒの紹介
４．２データのＤＤＢＪへの登録
４．３アノテーションの更新

ＢｉＧＧバイオインフォマティクス講座オープニングセミナー
バイオインフォマティクス最先端シリーズ第22回「健康予防・医療創薬のためのゲノム戦略」

①「成功ビジネスを求めて－バイオインフォマティクス」
　　講師：　五條堀孝　（国立遺伝学研究所　教授、　生命情報・ＤＤＢＪ研究センター長）
現在進行中の国家プロジェクトの概要を紹介しながら、それらのプロジェクトの成果を一般企業やベンチャー企業が有効利用するための産官学体制の構築やビジネスモデルの選定の仕方について私見を交えながら平易に議論する。

②「成功ビジネスを求めて－ゲノム・ポストゲノム戦略」
　　講師：猪子英俊先生　（東海大学医学部教授）
マイクロサテライトのゲノム解析と機能検証と医薬品設計のポストゲノム解析技術の特徴についてまとめ、それらの情報を元に事業化しうるターゲット市場および商業化戦略について述べる。さらに、このようなゲノム・ポストゲノム解析に基づくビジネスモデルの有意性と問題点について議論する。

バイオインフォマティクス最先端シリーズ
「創薬・臨床におけるライフサイエンス情報の最適化利用」

ライフサイエンスデータベースはゲノム情報だけでなく、疾患や代謝化合物、治療薬にパスウエイ、DNAチップの実験データなど、過剰とも思える情報を効率よく利用した解析例や、データベース、ツールをご紹介します

対象：
　 ファーマコゲノミクスリサーチ、メディカルリサーチ、およびバイオ基礎研究にたずさわる方
講演者：
　五條堀　孝先生 （国立遺伝学研究所教授 生命情報・DDBJ研究センター長・教授）
　　　　　　　　　　　（産業技術総合研究所 生物情報解析研究センター 副センター長）
　田中　利男先生 （三重大学大学院医学系研究科薬理ゲノミクス分野教授）
　三好　広之先生 （三好内外国特許事務所弁理士・（株）ワールドフュージョン取締役）
　Dr.Anton Yuryev　 （Ariadne Genomics Inc.）

[ 懇親会のご案内 ]
　セミナー終了後、１８時頃より懇親会を予定しております。
　会費制（御１人様６千円程度）、先着３０名様