次世代シーケンサー関連アプリケーション

Simbiot

  • Mapping to reference genome
  • RNASeq
  • miRNASeq
  • ChIPSeq
  • SNP and Indel discovery and genotyping
  • De novo transcript assembly
  • Downstream expression analysis

Mapping to reference genome

リファレンスゲノムに対してマッピングを行います。

使用ソフト例
bowtie
tophat

RNASeq

遺伝子発現量を定量的に解析します。

使用ソフト例
cufflinks
htseq-count

SNP Analysis

Indel(挿入欠失; 挿入変異または欠失変異）を解析します。

使用ソフト例
SAMTools

ChIPSeq

DNA結合タンパク質の結合部位を同定します。

使用ソフト例
QuEST

Transcript Assembly

トランスクリプトーム解析のためにアセンブリーを実行します。

使用ソフト例
Velvet

Simbiotについては、下記のフォームまたはbigg$A$biggjapan.comまでお気軽にお問い合せ下さい。

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